Das ist ganz egal, der nofollow tag ist ja nur für Suchmaschinen gedacht und hat mit dem tracking von Aff-Programmen nichts zu tun. Allerdings solltest du die ausgehenden Aff-Links nochmals über einen Redirect laufen lassen. Bei internetmarketing-news wurde letztens mal eine solche Lösung gezeigt, die einfach ist und hervorragend funktioniert:
http://www.internetmarketing-news.de/ finde aber den Artikel nicht mehr, muss irgendwann im Dezember gewesen sein.