Mein du bist auf dem richtigen Weg. Du hast es richtig erkannt, wenn du die Seiten jetzt auf html umschreibst und die alten PHP Datein auch im Index sind hast du DC. Also auf html umschreiben und die PHP Seiten per 301 auf die html Seiten umleiten.

Sowas in der Robots.txt ist auch nicht schlecht.

User-agent: Googlebot
Disallow: /*?

Schließt alle Dynamischen Seiten aus.