Ja, du bist mit dem Content deiner Homepage dann unter zwei Domains zu erreichen (wie eben schon gesagt worden ist wertet Google Subdomains als vollwertige Domains).
Folge ist, dass zumindest alle bis eine Domain sowieso aus dem Index fliegen wird.

shop.domain.tld ist kein Problem wenn der Shop wirklich nur dort zu erreichen ist - ausser du verweist damit auf domain.tld/shop .... dann hast du auch wieder Dublicate Content.

Gruß,
dennis