Es gibt die ersten Versuche Flash zu parsen, Google hat vor ein paar Monaten eine Firma gekauft die sich nur damit beschäftigt hat, aber denoch wird der Inhalt in Flash nicht gut von den SM interpretiert und besonders nicht gut gewichtet.

Wenn du nur einzelne Elemente in Flash machen willst, wie Banner oder ähnliches, wäre dies nicht weiter schlimm, aber das Menü in Flash zu machen ist nicht empfehlenswert. Da sollte man lieber auf (D)HTML/CSS zurückgreifen.

Du hast auch Frames genannt, die solltest du auch natürlich umgehen, aus SEO gründen und auch aus Trendgründen.

Wenn du eine URL oder ein Screenshot hinterlässt könnte man dir auch konkretere Vorschläge machen.

Hoffe, hat dir ein bisschen geholfen.