Hm, ohne sonstige Infos zu dem CMS ist es schwer da was zu sagen... Wenn du z.B. ModRewrite für ein Rewriting der URL nutzt ist es irrelevant wo das CMS liegt. Weiterleitungen sind generell nicht so prickelnd. Würde das CMS in das Root hochziehen.

Klar das waren jetzt absolut generelle Aussagen und können evtl. je nach Environment sogar falsch bzw. ungünstig sein - aber man bräuchte mal paar Infos um was genaues zu sagen!

Am besten postest du noch einmal etwas genauer wie du welches CMS einsetzt... Dann kann ich oder jemand anderes dir hier besser weiterhelfen.