>So, jetzt hab' ich intern erstmal alle links mit index.php rausgeschmissen und stattdessen aufs Hauptverzeichnis verlinkt.

Das ist die richtige Antwort!
Wenn du jetzt auf index.html oder index.aspx umstellen würdest - es wäre egal.

Was hilft:
PR nicht so wichtig zu nehmen

> Unterfrage: Ich hab' die index.php nochmal bei Google angemeldet. Hilft das?
sicher nicht.

Grüße und einen schönen ersten Mai