Da wird dir wohl schwer jemand ohne genauere Angaben etwas sagen können, zumal es eine Vielzahl von Gründen geben könnte:

z.B.
- im Meta-Tag der Index hast "nofollow"
- im Meta-Tag der Datei.php hat du "noindex"
- die Datei.php wurde in der Robots.txt ausgeschlossen
- die Verlinkung erfolgt mit Javascript, Java, etc.
- deine Index ist nicht stark genug, so dass die Unterseite nicht indexiert wird.
usw, usw.

An eine Abstrafung wegen Hidden-Text glaube ich nicht, denn erstens sollte dann ja wohl in erster Linie die Seite ausgeschlossen werden, die HiddenText enhält (also die Index) und zweitens gibt es immer noch eine unbegrenzte Anzahl von Möglichkeiten des HiddenText die Google noch nicht kennt und auch wohl in naher Zukunft nicht kennenlernen wird.