Ok, da ja niemand etwas definitives hat hilft dir das hier vielleicht weiter:
Anpassen geht auf jeden Fall schoneinmal - immerhin gibt es dafür so einige Skins
http://meta.wikimedia.org/wiki/Gallery_of_user_styles
Wie ich das gesehen habe bestehen die Skins aus einer einzelnen CSS-Datei. Theoretisch müsstest du diese also nur bei dir editieren. Inwieweit du das Layout ändern kannst erkennst du ja an den Einträgen des Standard-CSS. Bei allen anderen Änderungen musst du dann in der Tat suchen ob es ein Template-System gibt - wenn nicht gilt es jede Datei anzufassen.
Mit der CSS-Datei sollte allerdings schon einiges zu reissen sein - die Jungs sind ja keine Anfänger...
Ansonsten findest du vielleicht am kommenden Samstag auf dem Frankfurter Wikipedia Deutschland e.V. Stammtisch mehr Antworten...
Gruß,
dennis