>> Nun glaube ich festgestellt zu haben, dass einige Suchmaschinen zwar den Eintrag der Hauptdomain annehmen aber die im Paket erworbenen Domain nicht.

Das ist richtig. Weil diese auf die eigentliche Hauptdomain weitergeleitet werden. Du hast damit Dubletten ohne Ende, demzufolge nicht gut. Leitest du jedoch die Domains in ein Unterverzeichnis deiner Hauptdomain, werden diese aber nicht als eigenständige Domains gelistet.

Du solltest dir bei sehr vielen Domains einen Server mieten und die Sachen dort konfigurieren.

Bei normalen Hosting-Paketen wirst du nur mit jeweils einzelnen Paketen gut bei wegkommen. Der Vorteil dabei ist, du hast irgendwann schön viele IPs ;-)